született Los Angelesben. Apja a görög származású színész John Aniston, eredeti neve Yannis Anastassakis. Anyja New York-i születésű Nancy Dow, keresztapja pedig a hajdan a Kojaket is alakító Telly Savalas volt. Mindössze 11 éves volt, amikor az egyik festményét kiállították a Metropolitan Művészeti Múzeumban. Művészeti középiskolába járt, és a drámaklubnak is tagja volt. Gyerekkora óta tudatosan készült a színésznői pályára. Első hollywoodi szerepeivel Jen egyre magabiztosabbá vált, és amikor megkapta az első színészkedésből származó fizetését, azonnal vett egy régi Mercedest. A kilencvenes években egyszerre játszott főszerepet két tévéshow-ban is. Az egyik a Muddling Through című produkció volt, a másik pedig a Jóbarátok.  Ez utóbbi rendezője eredetileg azt szerette volna, ha Jennifer Aniston Monicát, Courtney Cox pedig Rachelt alakítja. A cserét a színésznők szorgalmazták. A szereplők közül Jennifer lett a legnépszerűbb, frizuráját tömegek utánozták. Öt Emmy-díjra jelölték, és az utolsó két évadért egymillió dollárt kapott epizódonként, ezzel be is került a 2005-ös Guinness Rekordok Könyvébe.